新农合大病二次报销流程如下：
1、由患者本人向社保中心提出申请，填写正式的申请表；
2、将二级以上医院的诊断证明材料上报社保中心，经专家委员会鉴定审核后，办理慢性病证历，专家委员会对慢性病的鉴定一个季度举办一次，鉴定所需费用由个人或单位承担；
3、患者在指定的医院门诊部看病购药；
4、在规定的时间内，到社保中心予以报销慢性病医疗费用，同时将《慢性病门诊医疗费用清单》连带处方、、慢性病证历、病历、各种检查报告单等一并存档，需要注意的是，在申请慢性病报销时，每人最多可以申报三种慢性病。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理方式，由规定。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
